“מכון הרב עמיטל לחקר השואה והוראתה” במכללת הרצוג, קם על מנת להנחיל את תודעת השואה למורים ולמחנכים מתוך תפיסה הרואה בשואה מרכיב חשוב בבניית הזהות היהודית והדתית בדורנו. המכון מתמקד בחקר החיים הדתיים בשואה ובדילמות דתיות, ערכיות וקיומיות העולות מחורבנה של יהדות אירופה. כמו כן המכון חוקר את תקומת העם היהודי בכלל, ואת תקומתה של היהדות הדתית בפרט, לאחר השואה.
פרויקט מחקר החיים הדתיים בזמן השואה מתוך ארכיונים לא ידועים של “מכון הרב עמיטל לחקר השואה והוראתה” במכללת הרצוג, כולל תיעוד, קיטלוג, פיענוח, תיִעתוק, תרגום ומחקר של מספר ארכיונים פרטיים מהארץ ומחו”ל הכוללים חומרים אודות השואה, שטרם תועדו או נחקרו. חומרים אלו מלמדים אותנו פרק עלום על הווי החיים הדתיים בשואה ובשנים הסמוכות לה.